Clasificación y cladística

• Cladística: clasifica organismos por historia evolutiva compartida, no por similitud morfológica.
• Cladograma: árbol con nodos (ancestros hipotéticos), ramas (linajes) y OTUs (taxones terminales).
• Sinapomorfía: carácter derivado compartido que define un clado; única base válida para agrupar.
• Plesiomorfía: estado ancestral; compartirla no indica parentesco cercano.
• Parsimonia: se prefiere el cladograma con el menor número de cambios evolutivos.

• Monofilético (clado): ancestro + todos sus descendientes. Único válido en cladística.
• Parafilético: ancestro + algunos descendientes (al menos un linaje derivado excluido). Ej.: "Reptilia" sin aves.
• Polifilético: agrupa taxones sin su ancestro común más reciente. Ej.: "Homeothermos" por endotermia convergente.
• Homología vs. analogía: homólogas = mismo origen; análogas = misma función, origen independiente.

• Se parte de una matriz de caracteres (1=presente, 0=ausente) y un outgroup con todos los caracteres en estado ancestral.
• Se identifican sinapomorfías: cada una define un nodo; los nodos se anidan de mayor a menor subconjunto.
• El árbol más parsimonioso suma el menor número total de cambios.

• Cetartiodactyla: cetáceos son grupo hermano del hipopótamo dentro de Artiodactyla.
• Aves como dinosaurios terópodos: "Reptilia" sin aves es parafilético; clado válido = Sauropsida.
• Fungi + Animalia (Opisthokonta): hongos son grupo hermano de Animalia según ARNr 18S.
• Tres dominios (Woese): ARNr 16S separa Archaea de Bacteria y la acerca a Eukarya.

Taxones: tiburón, pez óseo, anfibio, tortuga, lagarto, cocodrilo, ave (outgroup: invertebrado). Caracteres: C1 columna vertebral · C2 mandíbula ósea · C3 pulmones · C4 huevo amniótico · C5 arquitectura arcosauriana · C6 plumas.

• Cocodrilo + ave comparten C5 → nodo Archosauria (grupos hermanos).
• "Reptilia" sin ave es parafilético: ave desciende del mismo nodo que el cocodrilo. Solución: incluir aves o usar Sauropsida.
• Parsimonia: 6 cambios, uno por carácter.

• Error frecuente: "clado = ancestro + la mayoría de sus descendientes". Debe ser todos; excluir uno lo hace parafilético.
• Convergencia: aleta de delfín ≈ aleta de tiburón son análogas; la morfología agrupa falsamente, la cladística lo detecta como homoplasia.
• Simplesiomorfías no definen clados: columna vertebral de tiburón y pez óseo es sinapomorfía de Vertebrata, no del par.
• Menor % de diferencia molecular = divergencia más reciente en tablas de ARNr o citocromo b.
• Parsimonia ≠ árbol correcto: es la hipótesis mejor soportada; nueva evidencia puede revisarla.